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当然，要不然也没那么多人去质疑陈寅恪先生。 实际上，陈先生的学问在当代中国可以说是无人能出其右的，他的史源学研究方法至今都是后世所推崇的。 但问题在于，陈寅恪的父亲是一位满洲贵族，而且陈家与皇族还是姻亲关系（陈寅恪母亲是溥仪的姑母）。正因为如此，当民国时期出现“反满”浪潮时，很多反满人士就把陈寅恪的私人感情和学术成就一并拿出来作为骂点。例如，1934年出版的《新北平》就认为： “至于这位大学者(按指陈寅恪)对于本朝的印象，似乎并不怎么高明。他曾经说：‘清朝的时候，汉人有出人头地的机会没有多少；汉人做官要受种种限制……’这种言论显然有失偏颇。” 类似这样的批评还有很多，不过都是泛泛而谈，并没有触及到陈寅恪学术研究的本身。但是到了20世纪60年代以后，随着国内学术界对梁启超、胡适等学者的批判开始，陈寅恪就成了被批判的焦点。
因为陈寅恪同时属于这三类人中的任何一类都无可避讳—— 他既是一名清帝的侍读学士，又曾留学日本，在东京帝国大学和斯坦福大学接受过现代高等教育，并且一直在清华园执教直至文革前夕，可以说是在清末民初的那个动乱时代里，少有能全数“过关”的人之一。批判陈寅恪也就成了“文化大革命”当中一种必然的现象了。
关于陈寅恪的批斗，最激烈的一次发生在1967年的春节前夕。当时，红卫兵刚刚把老舍赶出家门，就在北京城内大肆追查“五旧”——即臭老九。据当时在清华担任教职的刘绍棠回忆，陈寅恪在那时甚至都不敢出门。 有一天晚上，红卫兵来到陈寅恪家进行搜查，结果竟然在书房的一个抽屉里发现了两本书，一本是托派领袖季诺维也夫写的《苏联共产党历史上的路线》，另一本是康生著的《列宁主义基础》。这两本书的发现使得陈寅恪成为“资产阶级反动学术权威”的代名词。据说，在当时就连陈寅恪自己的学生也认为他的历史罪过是无法原谅的了。
然而，事情的真相究竟如何呢？ 原来，那两本书都是台湾商务印书馆发行的版本，而陈寅恪早在20世纪50年代初就从香港购买了这部书。因为当时两岸尚未“三通”，因此这也就成了陈寅恪的一大罪证。 后来，还是在叶企孙（清华大学物理系创始人）等人的说情下，陈寅恪才免于继续遭到批判。但叶企孙的求情并未带来实际上的效果，陈寅恪还是被扣上了“资产阶级反动学术权威”的高帽。直到“四人帮”垮台后， 陈寅恪才得以平反昭雪。